Современные методы субтипирования сальмонелл при расследовании вспышек сальмонеллеза

Егорова С.А., Кулешов К.В., Кафтырева Л.А.

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Cанкт-Петербург, Россия
ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
ФГБНУ "Федеральный научный центр - ВИЭВ им. К.И.Скрябина и Я.Р.Коваленко РАН", Москва, Россия
ФГБОУ ВО "Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова" МЗ РФ, Cанкт-Петербург, Россия

В обзоре представлены методы молекулярного субтипирования (серотипирование, MLST, PFGE, MLVA, WGS) изолятов Salmonella spp., использующиеся в рамках эпидемиологического надзора и при расследовании случаев групповой заболеваемости сальмонеллезами. Отражена методическая основа и степень внедрения этих методов в работу лабораторий в мире. Особое внимание уделено методам субтипирования, основанным на данных полногеномного секвенирования, и существующим международным платформам для анализа данных "Pathogene Detection" и "Enterobase".